La hidroterapia es el medio físico mediante el cual se aplica el agua como agente terapéutico en condiciones que afectan las fibras nerviosas, huesos y músculos en su conjunto. Esta se brinda en dos formas: Tinas de hidroterapia y Piscina terapéutica. 

En todos los CRIT se cuenta con tinas de hidroterapia de medio cuerpo, cuerpo entero, miembro superior (hombro, brazo, antebrazo y mano) y miembro inferior (cadera, muslo, rodilla, pierna, tobillo y pie) 

La piscina terapéutica es utilizada como complemento de tratamiento, con ejercicios de inmersión, eliminación de la gravedad, aumento de la resistencia y su temperatura es regulada para una mayor eficiencia al momento de realizar los ejercicios.  

Las personas atendidas realizan rutinas con un profesional capacitado. Se cuenta con guardavidas. 

Las piscinas terapéuticas se encuentra en los Centros de Tegucigalpa y San Pedro Sula 

Se utiliza para brindar terapia para niños y adultos, según indicación médica.