La hidroterapia es el medio físico mediante el cual se aplica el agua como agente terapéutico en condiciones que afectan las fibras nerviosas, huesos y músculos en su conjunto. Esta se brinda en dos formas: Tinas de hidroterapia y Piscina terapéutica. 

En todos los CRIT se cuenta con tinas de hidroterapia de medio cuerpo, cuerpo entero, miembro superior (hombro, brazo, antebrazo y mano) y miembro inferior (cadera, muslo, rodilla, pierna, tobillo y pie) 

La piscina terapéutica es utilizada como complemento de tratamiento, con ejercicios de inmersión, eliminación de la gravedad, aumento de la resistencia y su temperatura es regulada para una mayor eficiencia al momento de realizar los ejercicios.  

Las personas atendidas realizan rutinas con un profesional capacitado en guardavidas e hidroterapia. 

La piscina terapéutica se encuentra en los CRIT de Tegucigalpa y San Pedro Sula 

Se utiliza para brindar terapia para niños y adultos, según indicación médica.